Последствия общероссийского кризиса сказывались на разных сторонах жизни пермяков. В городе, как и по всей стране, сокращались объёмы промышленного производства, происходили задержки с выплатой зарплат и т. д.

В начале 1993 года вспыхнула «бюджетная война» между городскими и областными властями и в течение нескольких лет продолжалась с переменным успехом.

Кроме длительного судебного процесса, «бюджетная война» запомнилась, в том числе, приездом комиссии Верховного Совета, забастовкой «Скорой помощи», перебоями в работе общественного транспорта и уличного освещения.

20 марта 1994 года произошли впервые в постсоветской истории выборы в Пермскую городскую Думу. А 8 декабря 1996 года состоялись первые прямые выборы главы города. Уже в первом туре победу одержал Юрий Петрович Трутнев. Он занимал этот пост до 2000 года.

В 90-е годы XX века Пермь неофициально стала называться «столицей гражданского общества», часто можно услышать и «столица российского либерализма».

В 1990-е годы в городе были основаны ФК «Амкар» и ПБК «Урал-Грейт», в 2000-х добившиеся больших успехов в российском футболе и баскетболе («Амкар» играет в премьер-лиге, был финалистом Кубка страны, «Урал-Грейт» — двукратный чемпион России).

21 октября 2005 года была открыта 1-я очередь Красавинского моста — нового моста через Каму длиной 1736,95 метров. Строительство 2-й очереди моста завершено в сентябре 2008 года.

Конец 2000-х был омрачён рядом трагических происшествий, связанных с Пермью. 14 сентября 2008 года над территорией города потерпел крушение самолёт Boeing 737—500 рейса Москва-Пермь, погибло 82 пассажира и 6 членов экипажа. 5 декабря 2009 года произошёл пожар в ночном клубе, жертвами которого стали 156 человек, 78 пострадало.

Краеугольным камнем общественно-политической жизни Перми конца 2000-х—начала 2010-х годов стала новая культурная политика краевых властей, которая рассматривалась ими как основа для идеологической и экономической модернизации региона.

В июне 2010 года были отменены прямые выборы Главы города Перми.