Пермь является крупнейшим железнодорожным узлом Пермского отделения Свердловской железной дороги (ранее — Пермская железная дорога имени Л. М. Кагановича). На станции Пермь II движение поездов осуществляется по трём направлениям:

  • западному (Казань, Москва, Санкт-Петербург);
  • восточному (Кунгур, Екатеринбург);
  • горнозаводскому (Углеуральская, Нижний Тагил, Приобье).

Горнозаводское направление в свою очередь разделяется после станции Банная гора на две ветки: в направлении станции Углеуральской и в направлении станции Чусовской. Имеется железнодорожная ветка, проходящая по правобережной части города, по плотине Камской ГЭС.

Через Пермь проходят пассажирские поезда, связывающие Центральный, Северо-Западный, Волго-Вятский районы страны с Уралом, Сибирью и Дальним Востоком, Москву — со столицами Монголии и Китая, Санкт-Петербург — со столицей Казахстана.

Имеется проект железнодорожной магистрали от Перми до Архангельска.

«Воздушными воротами» Перми является аэропорт Большое Савино, имеющий статус международного и способный принимать все типы современных воздушных судов.

Основной объём регулярных пассажирских перевозок осуществляется по маршруту «Пермь — Москва». Авиакомпании «Аэрофлот — Российские авиалинии», S7 Airlines, «ЮТэйр», «Трансаэро», «Ямал» выполняют в совокупности до десяти рейсов в день во все аэропорты Москвы. Также выполняются регулярные круглогодичные рейсы в Санкт-Петербург, Екатеринбург, Франкфурт-на-Майне, Прагу, Баку, Душанбе, Худжанд, сезонные — в Сочи, Краснодар и Анапу.

Чартерные рейсы связывают Пермь с городами Турции, Египта, Таиланда, Индии, Испании, Греции и других стран. Основные перевозчики — Оренбургские авиалинии, Nord Wind, Кубань.

В настоящее время планируются реконструкция и расширение аэровокзала, увеличение числа авиакомпаний, осуществляющих полёты из Перми, расширение географии полётов.

В Перми также расположен аэропорт Бахаревка, откуда до начала 1990-х годов выполнялись местные рейсы в населённые пункты Пермского края. В 2006 году аэропорт закрыт, и возобновление его работы не планируется. Согласно генеральному плану города, территория аэродрома будет отдана под жилую застройку.

К Перми существует подъезд с автодороги М7 E 22 (участок Елабуга — Ижевск — Пермь), в Перми начинается федеральная автодорога Р242 E 22 (Пермь — Екатеринбург). На начало 2011 года город имеет автодорожные выходы в соседние Удмуртию (три), Башкортостан (один) и Свердловскую область (два, один из которых связывает город также с Тюменью, а второй станет частью федеральной автодороги Пермь — Томск «Северная широтная магистраль»).

Построена автодорога до границы с Кировской областью, которая станет частью федеральной автомагистрали Санкт-Петербург — Екатеринбург. Строится автомобильная дорога до Сыктывкара через Коми-Пермяцкий округ. В 1996 году введены в эксплуатацию автомобильный мост через реку Чусовая и автомобильная дорога Пермь — Березники, что позволило кратчайшим путём соединить с областным центром города Верхнекамья.

В октябре 2005 года пущена в эксплуатацию первая очередь Красавинского моста — нового автодорожного моста через Каму, который позволил разгрузить от транзитного транспорта центр города. В 2008 мост запущен полностью, а также Южный обход, соединивший Красавинский мост с Восточным обходом.

Автобусами и маршрутными такси Пермь связана со многими населёнными пунктами Пермской агломерации, всеми центрами административных территорий края, а также Ижевском, Воткинском, Сарапулом, Набережными Челнами, Нижнекамском, Уфой, Нефтекамском, Оренбургом, Тольятти, Екатеринбургом, Красноуфимском, Челябинском, Самарой. 30 июня 2008 года сдан в эксплуатацию после реконструкции автовокзал «Южный».